Construido sobre los restos de una casa de labor dependiente del cercano Convento de San Francisco, la primera noticia documentada sobre el entonces Cortijo del Prado de San Francisco se remonta a 1704, cuando D. Tomás Domínguez lo edifica.
Concebido como explotación agrícola, contaba en sus inicios con un trapiche de azúcar y un molino de aceite de tracción animal.
En 1756 se amplia la edificación y se diseñan y plantan sus jardines en el flanco sur de la finca, si bien es en 1850 cuando se introducen las especies exóticas que lo caracterizan, traídas por D. Tomás Domínguez Artola, Intendente General de Filipinas, a su regreso de estas Islas.
En la primera mitad del siglo XIX el conjunto es ya conocido como Cortijo Miraflores, y a mitad del siglo cesa la explotación del trapiche de azúcar y se introduce la maquinaria del molino de aceite.
Completamente restaurado en 2001, el conjunto presenta varios elementos singulares: dos escudos que coronan su entrada (uno de la orden franciscana y el otro el blasón familiar de los Domínguez), seis medallones o tondos esculpidos en piedra representando a varios Santos (de incierta datación por ser presumiblemente material reutilizado de una anterior edificación), un techo de armadura del siglo XVIII de imitación mudejar y una fuente natural de mármol datada en 1711.
Además de sus característicos jardines y del Museo del Aceite, el conjunto cuenta con varias salas de exposiciones temporales, biblioteca y sala de actividades audiovisuales.